Zákon o ekologickom poľnohospodárstve (z 30. júna 2004, č. 421) stanovuje pravidlá pre ekologické poľnohospodárstvo na základe právnych aktov Európskych spoločenstiev. Jeho hlavným cieľom je zabezpečiť súlad s nariadeniami ES, predovšetkým Nariadením Rady č. 2092/91 a ďalšími nariadeniami, ktoré Slovensko prijalo pri vstupe do EÚ. Kľúčovými ustanoveniami zákona sú vymedzenie úloh Ministerstva pôdohospodárstva SR a Ústredného kontrolného a skúšobného ústavu poľnohospodárskeho, ktoré zahŕňajú riadenie výkonu štátnej správy v oblasti ekologického poľnohospodárstva, vydávanie oprávnení inšpekčným organizáciám a dohľad nad výkonom inšpekcie. Zákon takisto zabezpečuje registráciu osôb a organizácií v ekologickom poľnohospodárskom systéme a stanovuje povinnosti pre dovoz produktov z tretích krajín. Dôležitou súčasťou je vytvorenie štátneho loga pre ekologické výrobky. Zákon má finančný dosah na financovanie ÚKSÚP a vyžaduje vytvorenie nových pracovných miest, čo je v súlade s požiadavkami Európskej komisie na posilnenie administratívnych kapacít. Celkovo má legislatíva zaistiť efektívne fungovanie ekologickej poľnohospodárskej výroby na Slovensku, podľa štandardov EÚ.