Zákon o Pôdohospodárskej platobnej agentúre, o podpore podnikania v pôdohospodárstve a o zmene a doplnení niektorých zákonov, schválený Národnou radou Slovenskej republiky 24. októbra 2003, stanovuje právny rámec pre zriadenie a fungovanie Pôdohospodárskej platobnej agentúry. Hlavným cieľom zákona je umožniť Slovenskej republike čerpať finančné prostriedky z fondov Európskej únie po vstupe do EÚ, a to prostredníctvom efektívneho administratívneho a kontrolného systému. Zákon upravuje poskytovanie finančných prostriedkov na rozvojové programy v poľnohospodárstve a vidieku, podporu podnikania z prostriedkov štátneho rozpočtu a zabezpečenie financovania z rozpočtu EÚ. Ministerstvo pôdohospodárstva Slovenskej republiky sa ustanovuje ako ústredný orgán štátnej správy pre podporu podnikania v pôdohospodárstve, pričom plní úlohy spojené so správou finančných fondov EÚ. Zákon tiež definuje pojmy ako výrobná kvóta, hospodársky rok, a inštitučné riadenie vrátane zriadenia riadiacich výborov. Ustanovenia zákona sú navrhnuté tak, aby zabezpečili súlad so zásadami spoločnej poľnohospodárskej politiky EÚ a umožňovali efektívne riadenie finančných prostriedkov na podporu sektoru poľnohospodárstva, lesného a potravinárskeho hospodárstva v Slovenskej republike.