Zákon č. 458/2000 Z. z., ktorým sa mení a dopĺňa zákon NR SR č. 39/1993 Z. z. o Najvyššom kontrolnom úrade SR, zavádza významné zmeny v pôsobnosti a fungovaní NKÚ SR. Novela ustanovuje Bratislavu ako sídlo úradu a rozširuje kontrolnú pôsobnosť NKÚ aj na oblasť ciel. Významne definuje, že za prostriedky štátneho rozpočtu sa považujú aj prostriedky Európskych spoločenstiev a iné zahraničné prostriedky poskytnuté na projekty na základe medzinárodných zmlúv. Zákon zavádza nový paragraf o medzinárodnej spolupráci, ktorý oprávňuje NKÚ zastupovať SR v medzinárodných organizáciách združujúcich najvyššie kontrolné inštitúcie a spolupracovať so zahraničnými kontrolnými inštitúciami. Novela tiež upravuje povinnosť NKÚ predkladať Národnej rade SR správu o výsledkoch kontrolnej činnosti za uplynulý kalendárny rok do konca marca a stanovuje právomoc NKÚ určovať audítora na overenie účtovnej závierky Národnej banky Slovenska. Zákon rozširuje kritériá kontrolnej činnosti o efektívnosť a účelovosť a upresňuje, že úrad vykonáva činnosť prostredníctvom kontrolórov a ďalších zamestnancov.